建置本校在海洋科技領域的卓越教學與特色研究所需之核心設施，是中心成立的核心任務之一

      中心在獲教育部五年五百億計畫的支持下，在2006年成立了核心儀器室，逐步添購核心儀器建立服務機制，24小時開放給全校師生或是全國學術研究單位免費進行教學與研究使用，目前共計超過65台大小型儀器，投入超過1.4億經費，以化學、生物、環境生態研究相關為主。空間部分共計核心儀器室1間 (80.7坪)、水產生物科技研究室1間 (53.8坪)、水產生物基因體研究室1間 (13.7坪)、細胞組織培養室1間 (13.6坪)、組織切片室1間 (13.1坪)、雷射共軛焦顯微鏡室1間 (2坪)、基因體與生物資訊實驗室1間 (20坪)，專用空間總計共達到218坪。另外，包括新海研2號研究船的貴儀中心(40坪)，提供船上採樣及分析之重要儀器。前述所有研究室及實驗室配合門禁系統及監視系統24小時監控管制；著實增進校內研究能量，產出許多高品質論文研究成果。校外學術單位亦可免費借用，亦增加國內各項學術研究及產業應用之發展。 研究中心核心儀器室設置專職助理1名，管理儀器的常規維護、耗材添購、及教育訓練等。