本校以「國際海洋頂尖大學」與建立「國際頂尖海洋研究中心」為發展目標(下圖)，建立我國海洋科學研究及海洋人才培育的國際頂尖海洋學府。
中心2023年獲得教育部第2期高等教育深耕計畫第2部分特色領域研究中心專案計畫補助，計畫名稱：全球變遷下海洋與水產的調適與因應(The Responses and Coping Strategies of Ocean and Aquaculture to Global Change)，本計畫目標「全球變遷下海洋與水產的調適與因應」為因應全球變遷下的海洋與水產所面臨的重大問題，這是國內及國際當今最重要的議題，並推動國際高端海洋科學、海洋生物生態與水產養殖科技的研究及培育國際級海洋人才。本計畫共有四項子計畫目標，分別為(一)海洋環境與生態，(二)海洋生物多樣性與資源管理保育，(三)海洋生物生理與調適及演化，(四)水產養殖創新科技與永續海洋，並特別選定鄰近海洋大學的宜蘭龜山島海底熱泉為橫向合作重點，該主題包括海洋生態、海洋生物多樣性、海洋生物生理、基因體分子細胞與遺傳學及海洋生技等跨領域之研究(橫跨串連本計畫四項主題專長，如下圖)。因熱泉地區有大量熱泉特有的怪方蟹及其他海洋生物包括珊瑚，可作為本中心極端海洋環境生態、生物多樣性、海洋生物調適與因應的生態模式和模式實驗生物。
中心計畫總主持人張清風為教育部終身國家講座教授(海大特聘講座暨終身特聘教授)，本計畫分設有四項子計畫，分別由龔國慶終身特聘教授、陳天任特聘教授、張清風終身特聘教授、周信佑特聘教授為子計畫負責人，分別帶領團隊研究老師人員，負責推動執行研究計畫。本計畫包括海洋科學、環境生態、海洋生物多樣性、海洋生物生理生態、與水產養殖科技之研究，研究從微觀至巨觀，從基因體與分子至個體、群體與生態系統，這些都是屬於持續性、長期性、跨領域且整合性的研究，需長期觀測與大尺度，在空間與時間軸上，進行研究分析與比較。因此，本計畫各項子計畫之主題是屬於整合性且橫跨短期、中期與長期之持續性探究，才能有顯著成果。本計畫長期目標為探討「全球變遷下海洋與水產的調適與因應」。
海洋中心研究計畫領域之範疇
本計畫四項子計畫之短期、中期與長期目標
子計畫一：海洋環境與生態(召集人：海洋科學與資源學院海洋環境與生態研究所龔國慶終身特聘教授)
- 海洋藍碳與碳中和研究(短期、中期、長期目標)
- 海洋微塑膠污染幫浦及其生態風險研究(短期、中期、長期目標)
- 副熱帶陸棚浮游生物食物網生態過程研究(短期、中期、長期目標)
- 古海洋海表溫、生物生產力與颱風變遷之氣候重建研究(短期、中期、長期目標)
- 深耕臺灣海洋教育(長期目標)
子計畫二：海洋生物多樣性與資源管理保育(召集人：生命科學院海洋生物研究所陳天任特聘教授)
- 海洋生物資源管理保育研究(短期、中期、長期目標)
子計畫三：海洋生物生理與調適及演化(召集人：海洋中心張清風終身特聘教授暨教育部終身國家講座)
- 海洋生物在極端高硫環境下的適應(短期、中期目標)
- 海洋生物對極端環境海洋酸化的適應(短期、中期目標)
- 海洋生物的生殖生理生態及調適策略研究(中期、長期目標)
- 探討海洋生物包括魚類與珊瑚的緊迫反應與生殖調適策略(中期、長期目標)
子計畫四：水產養殖創新科技與永續海洋(召集人：海洋中心周信佑榮譽講座教授)
- 新穎抗菌材料開發(短期、中期目標)
- 建立海水魚類(以石斑魚與其他魚類)與白蝦之免疫調控機制與新穎預防疾病之策略(短期、中期、長期目標)
- 水產生物抗逆境育種及加值之分子標誌開發(中期、長期目標)
- 創新箱網養殖與室內外循環水養殖系統(智慧化養殖)技術(中期、長期目標)
- 藻類的永續開發利用(中期、長期目標)
- 資源放流與永續海洋(長期目標)